Situato nella linea di divisione delle acque del bacino del fiume Congo e quello del Nilo, il Burundi è ricco di attrattive naturalistiche, come il parco della Rusizi, le cascate della Kerara e le sorgenti del Nilo bianco.
Il parco nazionale della Rusizi, non lontano da Bujumbura e dal confine con la Repubblica Democratica del Congo, è costituito da un ecosistema di pianura con lagune e stagni temporanei, e da una zona con palmenti e savane semi-aride nella parte nord (chiamata Rukoko). La vicinanza alla capitale in espansione è stato uno dei motivi, insieme al bracconaggio, della drastica riduzione della fauna avvenuta negli ultimi settanta anni (nel 1950 si contava un gruppo di circa 200 elefanti, ma oggi sono completamente spariti). Il parco resta tuttavia ricco di avifauna, con la presenza di oltre 350 specie differenti, numerosi ippopotami, coccodrilli e varani del Nilo, e rari sciacalli e antilopi sitatunga.
Le cascate della Kerara, nel sud del paese, sono un sistema di cascate impressionante, costituite da tre salti principali, che possono essere visitate lungo un percorso accidentato (spesso fangoso) ma dove si può essere ripagati, oltre che dalla splendida vista, anche da incontri con cercopitechi e numerosi uccelli.
A poca distanza dalle cascate si trovano le sorgenti del Nilo bianco, tanto ricercate durante i secoli e infine scoperte nel 1938 da Waldecker, a più di 6.000 chilometri dal delta del fiume che si immette nel Mar Mediterraneo. Il sito è marcato dalla presenza di una grande piramide grigia commemorativa, su cui si trova l’iscrizione latina Caput Nili.