L’area dell’odierno Gibuti è stata abitata almeno dal Neolitico 12.000 anni fa. Ceramica precedente alla metà del II millennio a.C. è stata trovata ad Asa Koma, una zona lacustre interna nella pianura di Gobaad. La storia del Somaliland rimanda al Paleolitico. Fu durante l’età della pietra che le culture Doian e Hargeisan fiorirono. La più antica testimonianza delle usanze funebri nel Corno d’Africa proviene proprio da cimiteri della Somalia risalenti al IV millennio a.C..
Nei secoli successivi probabilmente tutta la regione faceva parte della “Terra di Punt”, così conosciuta dagli antichi egizi.
Tra il VII e il XII secolo d.C.. Città come Seylac e Berbera sul Golfo di Aden e Marka, Baraawe e Mogadiscio lungo l’Oceano Indiano funzionavano come porti commerciali esportando gomma, resine, piume di struzzo e schiavi, in una regione che il mondo islamico arabo chiamava bilad al-Barbar (“paese del Berbero”), un nome che riconosceva il popolo somalo della regione sulla base delle descrizioni degli abitanti della zona trovate nel documento greco Periplus Maris Erythraei (I secolo d.C., ”Periplo del Mar Eritreo”). Queste città medievali scatenarono una guerra contro gli etiopi cristiani dell’interno. I somali, che occuparono quelle aree insieme ad altri gruppi, adottarono l’Islam nel VII secolo, religione che si radicò profondamente nel territorio nei secoli seguenti. Gli occupanti delle città si organizzarono in sultanati.
Fine XIX secolo. Le nazioni europee iniziarono a dividere l’Africa tra loro. La Francia a partire dal 1862 entrò in possesso di una stazione di rifornimento a Obock, nei pressi della foce del Mar Rosso, mentre altre aree della costa settentrionale erano occupate dall’Egitto. Il Somaliland meridionale riconosceva la signoria del sultano di Zanzibar.
Fine 1880. La Francia aveva ampliato i suoi possedimenti nell’area dell’attuale Gibuti, la Gran Bretagna aveva istituito un protettorato sulla costa settentrionale di fronte alla sua base ad Aden, mentre l’Italia controllava il resto del paese.
1899. Nel nord il leader musulmano Sayyid Maxamed Cabdulle Xasan iniziò una guerra contro gli inglesi e mantenne la sua posizione all’interno fino alla sua morte, avvenuta nel 1920.
1936. Gli italiani dopo aver acquisito il Jubaland, nell’estremo sud, dopo la prima guerra mondiale, unirono i loro possedimenti somali con l’Etiopia per formare l’Africa orientale italiana. Gli inglesi ottennero il controllo della zona italiana durante la seconda guerra mondiale.
1960. Somaliland britannico e italiano furono uniti per formare la Repubblica indipendente della Somalia. Il Somaliland francese (ribattezzato Territorio francese degli Afar e Issa nel 1967) si proclamò indipendente come Repubblica di Gibuti nel 1977.
27 giugno 1977. Il Territorio francese degli Afar e Issa divenne indipendente, prendendo il nome di Gibuti, con Hassan Gouled Aptidon come presidente. Gibuti raggiunse l’intento di ottenere un pacifico profilo internazionale attraverso una politica di rigorosa neutralità negli affari regionali. In accordo con i trattati di amicizia sia con la Somalia che con l’Etiopia, il governo ha rifiutato di sostenere i gruppi armati che si opponevano ai regimi vicini e ha ospitato negoziati tra i leader della Somalia e quelli dell’Etiopia che hanno portato a una serie di accordi nel 1988. La postura equilibrata di Gibuti nelle relazioni esterne si rifletteva anche nella sua politica interna. Gouled, un Issa somalo, venne stato eletto per due mandati consecutivi come presidente nel 1981 e nel 1987. Nei primi anni di autogoverno, tuttavia, le tensioni etniche erano evidenti con due crisi di gabinetto e cambi di primo ministro nel 1978. Inizialmente la giovane nazione dovette fare i conti anche con la demografia urbana della sua capitale: alla periferia della città si sviluppò rapidamente un sobborgo abusivo, conosciuto come Balbala. Inoltre si potevano identificare distinte enclavi etniche: il centro commerciale che circonda la moschea principale (Moschea Hamoudi) e l’ex capolinea di carovane (Harbi Square), ospitava la comunità araba; oltre quest’are quartieri abitati da Isaaq, Gadaboursi e Issa Somali; infine un’area nota come Arhiba, costruita dai francesi per ospitare i lavoratori marittimi Afar reclutati dal nord della colonia negli anni ’60. Con lo sviluppo dell’infrastruttura urbana e la realizzazione di alloggi sovvenzionati dal governo attraverso programmi di aiuti internazionali, le condizioni nei vecchi quartieri della città migliorarono. Tuttavia i bisogni rimasero immensi e il progresso fu accompagnato da percezioni di favoritismo etnico. Il malcontento è stato anche favorito da un alto costo della vita, dalla disoccupazione e da un crescente divario nelle condizioni di vita tra la maggioranza della popolazione e la nuova élite urbana.
1991. Il movimento del Fronte per la Restaurazione dell’Unità e della Democrazia, espressione della minoranza etnica degli Afar, organizzò una ribellione armata contro il governo centrale, dominato dall’etnia maggioritaria degli Issa. I ribelli si impossessarono di vaste zone nel nord del paese.
1992. Lo status di Gibuti come stato a partito unico si concluse con una nuova Costituzione che introdusse una politica multipartitica.
1993. una controffensiva delle Forze armate gibutiane, spalleggiate dalla Francia, portò alla riconquista di gran parte del territorio perduto. Nelle elezioni presidenziali multipartitiche, Gouled uscì vittorioso rispetto ai candidati dell’opposizione con un ampio margine di vittoria.
1994. L’ala moderata del FRUD, capitanata da Ougoureh Kifleh Ahmed, sottoscrisse un trattato di pace ma le schermaglie, guidate da elementi più radicali dell’organizzazione con capo Ahmed Dini Ahmed, continuarono fino al 2001 quando venne sottoscritto un accordo definitivo con il governo centrale.